El análisis microbiológico de muestras de agua tiende a determinar la calidad sanitaria de éstas y su aptitud para distintos usos. En general, los métodos utilizados están diseñados de modo de detectar el grado de contaminación del agua con desechos de origen humano y/o animal.

Microorganismos indicadores

Hay patógenos que no pueden determinarse en laboratorios no especializados, como, por ejemplo, el virus de la hepatitis A. Estas dificultades han hecho que se utilicen grupos de microorganismos de detección y enumeración más fáciles y cuya presencia en cierto número se considera como una indicación de que la muestra estuvo expuesta a condiciones que pudieron determinar la llegada a la misma de microorganismos peligrosos y/o permitir la proliferación de especies patógenas. Estos grupos de microorganismos se denominan indicadores. 
Los indicadores más frecuentes son: 

1. Aerobios totales 
2. Coliformes totales
3. Pseudomona aeruginosa
4. Estreptococos fecales

El grupo Estreptococos fecales que incluyen especies de Estreptococos grupo D de Lancefield (Enterococcus faecalis, E. faecium, Streptococcus equinus, S. bovis) y algunas subespecies y una especie del grupo Q (Streptococcus avium). El grupo Enterococos estaría incluído dentro de estreptococos fecales y comprende las especies Enterococcus faecalis y E. faecium y sus subespecies (origen humano) y también se usa como indicador de contaminación fecal en agua. 
El hábitat normal de los estreptococos fecales es el intestino del hombre y los animales de sangre caliente, por lo tanto son indicadores de contaminación fecal, sobre todo en muestras de lagos, estuarios, ríos, etc. La identificación de las especies puede proporcionar información sobre la fuente de contaminación debido a que algunas especies son específicas de sus huéspedes.